哆啦A梦跟大雄用「时空洞」，抓到了一只很大的灭绝的鸟，它的名字叫做莫亚。大雄不忍心将它回到古代后要面临绝灭，于是把它带到专门收容绝灭动物的「绝灭之岛」。胖虎与小夫正在玩斗独角仙，大雄也将爸爸买给他的独角仙「独角太郎」加入战局，结果不仅被两人轻松打败还被嘲笑，不甘心的大雄于是拜托哆啦A梦去500年前的新西兰，捕捉已经绝种的大独角仙，不料「时光胶」却不小心将绝种的巨大鸟类「莫亚」给抓了回来。

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