描写了以“魔法”成为现实技术的世界为舞台，培育魔法使的国立魔法大学附属第一高校，通称“魔法科高校”中哥哥司波达也与妹妹深雪活跃的故事。剧场版动画讲述的是结束魔法科高校第一学年的达也和深雪利用春假到小笠原诸岛的别墅休假，遇到了从海军基地逃走的少女·九亚而引发的故事。

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