城都联盟篇结束后，小霞为了接替出门旅行的三位姐姐而不得不返回华蓝市担任道馆训练家，小刚也因为因家里有事和小智分离了。小智重新出发，基于想要以一个新人的心态继续学习的心态，所以只带着皮卡丘只身前往丰缘地区，在那里认识了新人训练家小遥和其弟弟小胜，后来小刚又重新加入，于是四人并展开全新的冒险。 超世代共分为丰缘联盟及对战开拓区两篇，和第一部的不同之处是，故事变成了两条主线：一方面小智为了参加丰缘联盟，努力挑战道馆而收集徽章。联盟大会结束后，则改挑战故乡关都地区的对战开拓区；另一方面小遥则以成为顶级协调训练家为目标，挑战各地的华丽大赛取得缎带，参加华丽大型庆典。两人都为了达成各自的目标，与神奇宝贝一同奋斗。

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